Shopifyペイメントは、ShopifyでECサイトを運営する際に使える決済サービスです。導入を検討している方の多くは、手数料や対応している決済手段、外部の決済サービスとの違いといった、契約前の最終確認をしたい段階にいるのではないでしょうか。
本記事では、2026年最新の決済手数料をプラン別に整理したうえで、対応する決済方法、導入手順、外部決済サービスとの比較、注意点までを一気に解説します。
Shopifyペイメントとは
Shopifyペイメントは、ShopifyでECサイトを運営するときに利用できる、Shopify公式のオンライン決済サービスです。
ECサイトの構築でハードルになりがちなのが決済機能の導入です。通常、オンライン決済を受け付けるには外部の決済事業者に申し込み、審査を通過する必要があります。しかし、Shopifyペイメントなら、外部サービスに個別登録することなく、Shopifyの管理画面上だけで決済機能の設定が完結します。
対応ブランドはVisa、Mastercard、JCB、American Expressなど主要クレジットカード全般です。加えて、Apple Pay・Google Pay・Shop Payといった決済手段も、Shopifyペイメントを有効化するだけで簡単に利用できるようになります。
2026年最新の決済手数料一覧（プラン別）
Shopifyの料金プランは、2026年現在「Starter」「Basic」「Grow（旧スタンダード）」「Advanced（旧プレミアム）」「Plus」の5段階です。プランが上がるほど月額料金は高くなりますが、その分決済手数料は低く設定されています。
Shopifyペイメント利用時の国内クレジットカード手数料
| 国内クレジットカード決済手数料 | |
| 5.0％ | |
| 3.55％ | |
| 3.4％ | |
| 3.25％ | |
| 個別見積り（取引量に応じた変動料率） |
※海外発行カード・American Expressはやや高めの料率が別途設定されています。正確な料率はShopify管理画面の決済設定画面でご確認ください。
外部決済サービスを併用した場合の上乗せ手数料
Shopifyペイメント以外の決済サービス（KOMOJU、PayPalなど）を使う場合、決済手数料に加えて「外部サービス取引手数料」がプランごとに上乗せされます。
| 外部サービス取引手数料 | |
| 2.0％ | |
| 1.0％ | |
| 0.6％ | |
| 0.2% |
自社の売上規模と非カード決済（コンビニ・銀行振込など）の比率を踏まえて、どのプランが最適かを判断することが重要です。
Shopifyのプランについて詳しくは、下記の記事をご参照ください。
対応決済方法（クレカ/Apple Pay/Google Pay/Shop Pay）
Shopifyペイメントを有効化すると、以下の決済方法がまとめて利用可能になります。いずれも外部サービス取引手数料はかからず、クレジットカード決済手数料のみで利用できます。
クレジットカード
Visa、Mastercard、JCB、American Expressなど主要な国際ブランドに幅広く対応しており、まずは決済手段はクレジットカードのみに絞ってECサイトを開設することも十分可能です。
カード情報の入力フォームもShopify側で標準用意されているため、デザインや実装に手間がかかりません。セキュリティ面もShopify側で担保されており、事業者側で個別にPCI DSS対応を行う必要がない点も安心材料です。
Apple Pay
iPhoneやMacなどApple製端末のユーザーが、指紋認証や顔認証だけで決済を完了できるサービスです。決済設定画面でチェックを入れるだけで有効化でき、追加の実装作業は必要ありません。決済の手間を大きく減らせるため、スマホからの購入が多いECサイトほど効果を実感しやすい決済手段です。
また、購入時に情報入力の手間を省けるエクスプレスチェックアウトにも自動的に表示されるため、カゴ落ち防止にも寄与します。外部サービス取引手数料はかからず、通常のクレジットカード決済手数料のみで利用できます。
Apple Payについて、詳しくは下記の記事をご覧ください。
Google Pay
Googleアカウントに登録されたカード情報を使って、入力の手間なく決済できるサービスです。Android端末はもちろん、Chromeブラウザ経由でも利用できるため、幅広いユーザー層にリーチできます。
Apple Payと同様にエクスプレスチェックアウトに表示され、購入直前の離脱を防ぐ効果が期待できます。設定はShopifyペイメントの決済画面上でチェックを入れるだけで完了し、別途の審査や契約は不要です。こちらも外部サービス取引手数料は無料で、通常のクレジットカード決済手数料のみが発生します。
Shop Pay
Shopifyが独自に提供する決済サービスで、一度いずれかのShopify構築のECサイトで登録した支払い情報や住所を、別のECサイトでもそのまま使い回せる点が特徴です。Shopifyは世界中の多くのECサイトで採用されているため、Shop Payに情報を登録済みのユーザーは少なくなく、初回購入時のハードルを下げる効果が見込めます。
また、入力の手間が減ることでカゴ落ちの防止にもつながり、リピート購入のしやすさにも直結します。有効化もShopifyペイメントの設定画面から簡単に行えます。
Shop Payについて、詳しくは下記の記事をご覧ください。
これらの決済手段は、決済時の手間を減らすことでカゴ落ち防止にも直結します。また、海外の顧客が現地通貨で決済することも可能なため、越境ECの決済手段としても活用できます。
導入・設定手順
Shopifyペイメントの設定は、大きく4つのステップで完了します。
1. 通貨の設定を確認する
管理画面の「設定」から「ストアの詳細」をクリックし、ストア通貨が「円」になっているかを確認します。一度商品を販売した後は原則として通貨を変更できないため、開設時に必ず確認しておきましょう。
2. Shopifyペイメントを有効化する
「設定」→「決済」から「Shopifyペイメントを有効にする」ボタンをクリックします。決済情報の変更はオーナーアカウントのみ可能です。なお、このタイミングで既存の外部クレジットカード決済サービスを利用していた場合、自動的に削除されるため注意してください。
3. 必要情報を入力する
ビジネス・商品の詳細情報、ECサイトオーナーの個人情報、請求明細書の表記事項、銀行口座情報を入力します。設定完了後、本人確認書類の提出も求められるため、案内が来たらすみやかに対応しましょう。
4. 決済のテストを行う
テストモードを有効にしたうえで、テスト用クレジットカード番号を使って決済のテストを行います。決済成功・エラーそれぞれのパターンを試しておくと、本番運用前の不安を減らせます。
※テストカード番号の一覧は、Shopify公式ヘルプページ「Shopify ペイメントのテスト」をご参照ください。
外部決済サービスとの比較表
Shopifyペイメントだけでは、コンビニ決済やキャリア決済、銀行振込といった国内特有の決済手段には対応できません。これらを導入したい場合は、KOMOJUやSBペイメントサービスといった外部決済サービスを併用するのが一般的です。
| Shopifyペイメント | KOMOJU | SBペイメントサービス | |
| クレカ/Apple Pay/Google Pay/Shop Pay | クレカ、コンビニ、キャリア決済、PayPay、LINE Pay、楽天ペイなど豊富 | クレカ、PayPay、LINE Pay、楽天ペイ、キャリア決済、Webコンビニ決済 | |
| なし | プランに応じて0.6〜2.0％上乗せ | プランに応じて0.6〜2.0％上乗せ | |
| Shopify管理画面のみで完結 | 別途申込・審査が必要 | 別途申込・審査が必要 | |
| クレカ決済が中心のECサイト | 越境EC・多様な決済手段を揃えたいECサイト | サポート体制を重視するECサイト |
クレジットカード決済が中心であればShopifyペイメントのみで運用を開始し、コンビニ決済や後払いなど顧客層に合わせた決済手段が必要になったタイミングで、外部サービスを段階的に追加するのが効率的な進め方です。
KOMOJUについてさらに詳しく知りたい方は、下記の記事もご参照ください。
注意点（入金サイクル/審査/海外カード）
Shopifyペイメントは手軽に導入できる一方で、入金のタイミングや必要書類の対応など、運用を始めてから気づきやすい注意点もいくつかあります。契約前に一通り目を通しておくと、導入後のトラブルを防ぎやすくなります。
入金サイクルは最短5日、最長11日
Shopifyペイメントの入金サイクルは、毎週または毎月のどちらかを選択できます。日本のShopifyでは、毎週の入金サイクルを選んだ場合、支払いは金曜日のみです。
決済完了から入金までは最短5日、最長11日かかり、決済日によっては翌週の金曜日まで待つ必要があります。例えば水曜日に決済が行われた場合、5営業日後は金曜日に届かないため、入金は翌週の金曜日にずれ込みます。月次の資金繰り表を作成する際は、この数日のズレを前提に組んでおくと安心です。
入金サイクルについて詳しくは、下記の記事をご参照ください。
本人確認書類の提出は速やかに
Shopifyペイメントの利用開始は即時に行えますが、オーナーアカウントの本人確認のため、後日身分証の提出が求められます。この確認は法令に基づく本人確認手続きの一環であり、省略することはできません。案内が届いたら放置せず、早めに対応してください。対応が遅れると入金が保留され、資金繰りに影響が出るおそれがあります。
特に開設直後は他の設定作業に追われがちですが、通知を見落とさないよう管理画面をこまめに確認しておくとよいでしょう。
21日以内に銀行情報を登録しないと支払いがキャンセルされる
最初の決済から21日以内に必要な情報（銀行口座など）の登録が完了しないと、支払いがキャンセルされ顧客に返金されてしまいます。せっかく獲得した注文が無効になってしまうため、機会損失にもつながりかねません。
銀行口座情報は事前に準備しておき、Shopifyペイメントを有効化したタイミングでまとめて登録を済ませておくのが安全です。特にECサイトを複数人で運用している場合は、担当者間で登録状況を共有しておきましょう。
海外カードは手数料がやや高め
海外発行のカードやAmerican Expressは、国内カードに比べて決済手数料がやや高めに設定されています。越境ECを行う場合は、この差分もコスト試算に含めておくと安心です。
海外の顧客の比率が高いECサイトほど、実際の手数料負担が想定より大きくなることがあるため、売上シミュレーションの段階から加味しておくことをおすすめします。正確な料率は管理画面上で随時確認できます。
外部のクレジット決済と併用する場合の注意
Shopifyペイメント設定前に外部のクレジットカード決済サービスを利用していた場合、Shopifyペイメントを有効化すると既存のサービスが利用できなくなります。乗り換えのタイミングには注意しましょう。
切り替え作業中は決済手段が一時的に利用できなくなる可能性もあるため、アクセスが少ない時間帯を選んで作業するなど、事前に段取りを決めておくとトラブルを避けやすくなります。
Shopifyペイメントに関するよくある疑問
ここまでの内容と重なる部分もありますが、導入検討時に特に疑問となりやすいポイントを改めて整理しました。契約前の最終確認としてご活用ください。
審査にはどのくらい時間がかかる？
Shopifyペイメント自体の利用開始に審査は不要で、設定画面で有効化すればすぐに決済に利用できます。ただし、この審査不要はあくまで決済機能をすぐ使い始められるという意味であり、オーナーアカウントの本人確認が免除されるわけではありません。
設定後しばらくすると身分証の提出を求める案内が届くため、対応が遅れると入金が保留される点には注意してください。
スピーディーに開設したい方にとっては、外部決済サービスの審査を待たずに済む点が大きなメリットになります。
コンビニ決済やキャリア決済にも対応できる？
Shopifyペイメントはクレジットカード、Apple Pay、Google Pay、Shop Payといったカード系・ウォレット系の決済に特化したサービスであり、コンビニ決済やキャリア決済、銀行振込には対応していません。
こうした国内特有の決済手段を導入したい場合は、KOMOJUやSBペイメントサービスといった外部決済サービスを別途契約し、Shopifyペイメントと併用する必要があります。ターゲット顧客の年代や購買習慣によっては、これらの決済手段の有無が売上に直結することもあるため、早めに検討しておくとよいでしょう。
ターゲットごとにおすすめの決済方法については、下記の記事をご覧ください。
Apple PayやGoogle Payの利用に追加費用はかかる？
Apple PayとGoogle Payはいずれも外部サービス取引手数料が無料で、通常のクレジットカード決済手数料のみが発生する仕組みです。
Shopifyペイメントの決済設定画面でチェックを入れるだけで有効化でき、月額費用やAPI連携費用のような追加コストも発生しません。導入のハードルが低いにもかかわらず、購入時の入力の手間を減らせるため、コストをかけずにコンバージョン率の改善を狙える施策といえます。
入金はどのくらいの頻度で設定できる？
入金サイクルは毎週または毎月から選択でき、日本国内のECサイトが毎週サイクルを選んだ場合、支払いは金曜日のみに固定されます。決済が完了してから実際に入金されるまでの期間は、最短5日、最長11日と決済日によって幅があります。
資金繰りを厳密に管理したい場合は、月次サイクルよりも毎週サイクルの方が入金のタイミングを予測しやすいでしょう。いずれのサイクルも、後から切り替えることは可能です。
入金サイクルについて、詳しくは下記の記事をご参照ください。
どのプランを選べばいいか分からない
最適なプランは、月間の売上規模や、コンビニ決済・後払いといった非カード決済の比率によって変わります。決済手数料の低さを重視するなら上位プランが有利ですが、月額料金とのバランスも含めて総合的に判断する必要があります。
また、将来的に外部決済サービスを併用する予定があるかどうかによっても、外部サービス取引手数料の負担が変わってくるため、あわせて検討しておくと安心です。判断に迷う場合は、構築段階からShopifyパートナーに依頼することもおすすめです。
Shopifyペイメントや決済サービスは、ターゲット層に合わせて選定しよう
Shopifyペイメントは、審査不要・取引手数料無料で始められる、Shopify運営の基本となる決済サービスです。一方で、コンビニ決済や後払いなど、日本のEC市場で根強いニーズがある決済手段には対応していないため、KOMOJUなどの外部サービスと組み合わせて設計する視点も欠かせません。
Shopify PlatinumパートナーのWEBLIFEが提供するサービス「BiNDec」では、最適な決済手段の提案・導入はもちろん、ECサイトの構築から運用までをトータルサポートしており、豊富な実績とノウハウをもとに最適なソリューションをご提案します。ShopifyでのEC構築や運用に関してお悩みの方は、気軽にお問合せください。
